Isenthal leży w kantonie Uri po zachodniej stronie Jeziora Urner, w południowo-wschodniej części Jeziora Czterech Lasów. Lasisty Grosstal jest tutaj przepływany przez rzekę Isentalerbach. W elektrowni Kleintal wpada rzeka Chlitalerbach, a od tego miejsca dolina nazywa się Isental. Gmina Isenthal znajduje się pomiędzy Wolfenschiessen, Engelberg i Jeziorem Urner. Do gminy należą duże tereny alpejskie. Najwyżej położonym miejscem jest Gitschenen (na wysokości 1550 m n.p.m.). Obszar ten jest znany z dziewiczych krajobrazów, starannie pielęgnowanych alpejskich łąk i gęstych lasów górskich.