Bönigen se situe sur la rive sud du lac de Brienz dans l'Oberland bernois. Le centre du village de Bönigen s'étend le long de la Lütschine à la frontière nord-ouest de la commune jusqu'au lac et est presque relié à Interlaken. On y trouve des maisons en bois pittoresques, souvent datant du 16e siècle. La plus grande partie de la localité est composée de pentes montagneuses escarpées. Au sommet, on peut apercevoir le Loucherhorn, la Roteflue et la Schynige Platte. Des promenades au bord du lac ou des balades à vélo le long de la Lütschine sont très relaxantes. De Bönigen, on aime faire des excursions en kayak ou des tours en jet boat sur le lac de Brienz.